Auf Befehl von General Douglas MacArthur (Tommy Lee Jones) wird Japan-Experte General Bonner Fellers (Matthew Fox) in das zerstörte Tokio der unmittelbaren Nachkriegszeit geschickt. Dort soll er nach Japans Hauptkriegsverbrechern fahnden und die Lage des Kaisers von Japan untersuchen. Obwohl Kaiser Hirohito von seinem Volk sehr geschätzt wird, werden ihm schwere Kriegsverbrechen vorgeworfen. Fellers soll dabei helfen, eine Entscheidung von besonderem Ausmaß zu treffen: Soll der Kaiser vor Gericht gestellt und zum Tode verurteilt werden? Nebenbei will Fellers seine alte Liebe Aya (Eriko Hatsune) wiederfinden, eine Austauschstudentin, die er Jahre zuvor in den USA getroffen hat. Bei seiner Ergründung der japanischen Geschichte und der Suche nach seiner großen Liebe stellt sich Fellers grundlegende Fragen der Humanität und Weisheit, um am Ende eine Entscheidung zu treffen, die beide Nationen für immer verändern wird.